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Eles permitem ao webmaster adicionar funcionalidades ao website como são os casos dos menus inteligentes que permitem abrir os links em forma de cascata e das popups.
Eles também foram explorados de forma a ajudar a obter melhores posicionamentos nos buscadores.
Webmasters que praticavam Black Hat SEO, costumavam utilizar de códigos Javascript para enganar o sistema de cadastramento de sites dos grandes buscadores como Google, Yahoo e MSN.
Uma das técnicas mais utilizadas era chamada de cloacking, onde o robô de cadastramento era enviado para uma página diferente da que era apresentada para o visitante.
Essa página era criada especialmente para obter melhores posicionamentos.
Para evitar que a indexação fosse manipulada, os buscadores decidiram então que o Javascript não mais seria executado na hora da indexação pelo robô de cadastramento.
Isso que dizer que tudo o que fosse exibido para o visitante utilizando Javascript, não seria mais entendido pelos robôs.
Essa atitude ajudou amelhorar e muito a qualidade dos resultados das buscas realizadas pelos visitantes nos buscadores, porém, como nem tudo é perfeito, isso acabou prejudicando os webmasters que trabalhavam corretamente.
Porque isso atrapalha o webmaster.
Alguns webmasters costumam utilizar javascript para gerar todo o menu de navegação do site, como é o caso dos menus drop downs.
Isso faz com que os buscadores parem na primeira página na hora da indexação, pois como não há links que possam ser entendidos pelos robôs, eles não sabem para onde ir. Para o buscador seu site possui apenas uma página, e só.
Outro problema, fica por conta de que, alguns visitantes podem ter desabilitado a execução de javascript no navegador ou estarem se conectando a partir de um aparelho como um celular ou Palm. Porém isso é outra estória.
Solução
Para aqueles que mesmo assim, preferem ou precisam utilizar o Javascript para gerar todo o menu de navegação, eu recomendo que crie o mesmo menu utilizando html. Isso poderia ser feito criando links no final de cada página.
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